Jeśli porównamy NTFS z jego głównym poprzednikiem, FAT zobaczymy wiele zalet. Po pierwsze, NTFS używa Unicode do zapisywania nazw plików. W przypadku woluminów FAT nie można było odczytać ani uzyskać dostępu do plików zawierających symbole inne niż łacińskie, jeśli przełączy się na inne kodowanie. W woluminie sformatowanym w systemie plików NTFS nazwy plików są zawsze wyświetlane poprawnie, a pliki są dostępne, bez względu na to, jakie kodowanie jest używane jako domyślne. To są zalety NTFS.
NTFS ma wbudowany system bezpieczeństwa, który kontroluje udostępnianie plików między użytkownikami. Są właściciele, grupy i różne poziomy uprawnień, co gwarantuje prywatność. FAT nie miał tego przy swoim projekcie, dlatego trudno było zamienić wcześniejsze wersje systemu Windows w rzeczywiste środowiska wielu użytkowników (co jest kluczowe dla sieci).
NTFS może szyfrować i odszyfrowywać pliki i foldery podczas ich odczytu lub zapisu. Co więcej, może równie łatwo kompresować i dekompresować poszczególne pliki i foldery.
Wprowadza przydziały użytkownika, pozwalające administratorom kontrolować wykorzystanie dysku, zapobiegając w ten sposób nieuczciwemu zachowaniu, gdy użytkownik chwyta całą dostępną przestrzeń dyskową dla swoich potrzeb i pozbawia wszystkich innych użytkowników.
Odkąd wynaleziono systemy plików, główne pytanie brzmiało: co się dzieje, gdy jakaś operacja się nie powiedzie (na przykład z powodu utraty mocy)? NTFS jest w stanie ukończyć operacje, które się nie powiodły i przywrócić jego stan. System NTFS 6.0 dostarczany z systemem Windows Vista ma funkcję samo-naprawiania.
NTFS może z powodzeniem radzić sobie z bardzo dużymi plikami i partycjami. Podczas gdy FAT działa dobrze na partycjach poniżej 500 MB, system NTFS jest znacznie lepiej wyposażony w większe partycje. Microsoft nie zalecał używania FAT w woluminach większych niż 32 GB, co byłoby już zbyt małe dla nowoczesnych komputerów.
Ogólnie rzecz biorąc, NTFS został opracowany z myślą o wszystkich wysokich i niskich wartościach FAT i innych systemów plików. Uwzględnia nowe technologie i możliwości, może kontrolować prywatność i współdzielenie w środowisku wielu użytkowników. Wprowadza wiele przydatnych funkcji, takich jak nowo dodane dowiązania symboliczne NTFS (od Windows Vista). Jest stabilny i wytrzymały.