Jeśli porównamy NTFS z jego głównym poprzednikiem, FAT zobaczymy wiele zalet. Po pierwsze, NTFS używa Unicode do zapisywania nazw plików. W przypadku woluminów FAT nie można było odczytać ani uzyskać dostępu do plików zawierających symbole inne niż łacińskie, jeśli przełączy się na inne kodowanie. W woluminie sformatowanym w systemie plików NTFS nazwy plików są zawsze wyświetlane poprawnie, a pliki są dostępne, bez względu na to, jakie kodowanie jest używane jako domyślne.
NTFS ma wbudowany system bezpieczeństwa, który kontroluje udostępnianie plików między użytkownikami. Są właściciele, grupy i różne poziomy uprawnień, co gwarantuje prywatność. FAT nie miał tego przy swoim projekcie, dlatego trudno było zamienić wcześniejsze wersje systemu Windows w rzeczywiste środowiska wielu użytkowników (co jest kluczowe dla sieci).
NTFS może szyfrować i odszyfrowywać pliki i foldery podczas ich odczytu lub zapisu. Co więcej, może równie łatwo kompresować i dekompresować poszczególne pliki i foldery.
Wprowadza przydziały użytkownika, pozwalające administratorom kontrolować wykorzystanie dysku, zapobiegając w ten sposób nieuczciwemu zachowaniu, gdy użytkownik chwyta całą dostępną przestrzeń dyskową dla swoich potrzeb i pozbawia wszystkich innych użytkowników.
Odkąd wynaleziono systemy plików, główne pytanie brzmiało: co się dzieje, gdy jakaś operacja się nie powiedzie (na przykład z powodu utraty mocy)? NTFS jest w stanie ukończyć operacje, które się nie powiodły i przywrócić jego stan. System NTFS 6.0 dostarczany z systemem Windows Vista ma funkcję samo-naprawiania.
NTFS może z powodzeniem radzić sobie z bardzo dużymi plikami i partycjami. Podczas gdy FAT działa dobrze na partycjach poniżej 500 MB, system NTFS jest znacznie lepiej wyposażony w większe partycje. Microsoft nie zalecał używania FAT w woluminach większych niż 32 GB, co byłoby już zbyt małe dla nowoczesnych komputerów.
Ogólnie rzecz biorąc, NTFS został opracowany z myślą o wszystkich wysokich i niskich wartościach FAT i innych systemów plików. Uwzględnia nowe technologie i możliwości, może kontrolować prywatność i współdzielenie w środowisku wielu użytkowników. Wprowadza wiele przydatnych funkcji, takich jak nowo dodane dowiązania symboliczne NTFS (od Windows Vista). Jest stabilny i wytrzymały.